JRの大阪近郊区間ですが、在来線に並行する新幹線も一部含まれています。

該当区間は、

米原~京都~新大阪間(東海道新幹線)
西明石~姫路間(山陽新幹線)


米原~新大阪間と西明石~姫路間は、それぞれ東海道本線・山陽本線の「別線」と見なされ、これはわかりやすいと思います。

ここで一つ注意ですが、新大阪~西明石間は含まれていません

なぜ、こんなややこしいルールなのかといえば、新大阪~西明石間に新幹線単独の「新神戸」駅が存在するため、だと考えられます。

すなわち、新神戸駅は大阪近郊区間内の駅とは見なされない、ということ。

例えば、大阪駅から加古川線~福知山線を大回りして塚口まで乗車するとき、山陽新幹線の新大阪~西明石間を利用すると「大回り乗車」が成立しなくなります。

もう一つ注意しないといけないのは、琵琶湖一周する場合。京都駅から東海道新幹線→北陸本線→湖西線経由の乗車ルートを取るとき、山科まで乗ってしまうと「大回り乗車」が不成立になるので注意です。山科駅は東海道本線京都~米原間の駅であり、東海道新幹線で通過していると見なされるので。

これの逆回りのとき、すなわち京都→山科→湖西線→北陸本線回りのとき、米原駅で新幹線に乗車した時点で、「大回り乗車」は不成立になりますね。